Bir müddet sonra Şems yine kayboldu. Şeyhini hücresinde bulamayan Mevlana dayanamadı, bahar bulutları gibi yaş döktü ve Sultan Veled’in evine koşarak, “Kalk Bahaeddin kalk! Ne uyuyorsun? Kalk Şeyhini aramaya çık! Çünkü canımız yine onun güzel kokusundan yoksun kaldı” dedi. Bir müddet ondan haber beklediler, ama hiçbir yerden haber çıkmadı.     Mevlana artık gece gündüz onun ayrılığını terennüm eden şiirler söyledi. O, arada Mevlana bir kısım arkadaşları ile Şam taraflarına aramaya gitti, aylarca Şems’i aradılar ne yazık ki elleri boş geri döndüler. Mevlana, Şems’in Şam ve çevresinde arandığı günlerde şu gazelleri okuyordu.      Biz Şam’ın aşığı başı dönmüş sevdalısı ve Şam delisiyiz.    Şam sevgilisine can vermiş gönül bağlamışız.    Rum ülkesinden Şam tarafına, yar’in yurdu olan Şam’a koşuyoruz.    Onun akşam karanlığı gibi siyah kaküllerinden Şam’da tazeleniyoruz.    Salihiye dağında bir mücevher madeni var ki, onu aramak için Şam denizinde boğulmuşuz.    Eğer Tebriz’in Hakk güneşi Şemseddin oradaysa Şam’ın kulu, kölesiyiz.    Hem de ne mutlu kul ve köleyiz.     Şems’in kaybolması hala esrar perdesi arkasında kalmıştır. Eflakinin anlattığına göre, “Bir gece Şemseddin Mevlana ile otururken bir adam dışarıdan Şems’i çağırır. Şems hemen yerinden fırlar ve dışarıdan Mevlana’ya beni öldürmek istiyorlar diye seslenir. Kapı dışında pusu kurmuş olan yedi kişi bu fırsattan faydalanarak hemen bir bıçak saplarlar. Şems o anda bir nara atar, saldırganlar korkudan bayılır ve Şems kaybolur.     Ahi Evren Ahmet Efendinin hayatının anlatıldığı bir kitapta okuduğuma göre Şems’in ölümü şöyle olmuştur: Mevlana’nın oğlu Alaeddin, babasının yanında cariye olarak büyüyen Kimya hanımla evlenmek ister. Mevlana ise Kimya hanımı oğlu ile değil Şems ile evlendirir. Bu durumdan dolayı Şemse kızgın olan Alaeddin, birkaç tane arkadaşı ile Medresede ders okurlarken, Şems içeri girer ve oradakilere hitaben “Ne zamana kadar bu eşek yükü kitaplardan ders almaya çalışacaksınız? İlmi sahibinden Allah’tan alın” diye seslenir. Şems’in söylediği bu sözler bardağı taşıran son damla olur ve oradaki medrese talebeleri hep birden Şemse saldırırlar, bıçaklayarak öldürürler.     Şemsin kaybolmasından kırk gün sonra Mevlana başında ki beyaz sarığı atıyor; duman renkli sarık sarıyor ve matem nişanesi olan yemen hırkası, Hint feracesi giyinerek ömrünün sonuna kadar bu kıyafeti devam ettiriyor.     Mevlana’dan bir Gazel:   Eğer bizim gecemiz, gündüzümüz Şemseddin’in aşkı ile geçmeseydi, Bize sebepler aleminin her türlü tuzağından kurtulmak nasıl mümkün olurdu. Onun aşkını parlaklığı bize kudret ve tahammül vermeseydi arzularımızın ateşi takatimizi mahvederdi. Onun aşkının okşayışları, sevgisinin güzellikleri bizi kurtardı. Bütün ıstırap ve belalardan onun sayesinde uzak kaldık. Tanrısal inayetler, yardımlar, o Şahın hizmeti içindir; Ondan filizlendi, O, edep kaynağından bize varlık verdi. Tebriz ülkesi tarafından bir bengi su pınarı var ki, gönülleri hep o tarafa çeker; Biz istemesek bile Hızır gibi bizi hep o pınara çağırır.     Şemsin Makalat’ının mütercimi olan M. Nuri Gençosman kitabın giriş yazısında, Şemsin ölümünün bizim anlattığımız sebeplere bağlayan açıklamalara yer veriyor.     Mevlana, Şemsi Kimya hatunla evlendirdikten sonra Şems zaman-zaman Kimya hatunla anlaşmazlığa düşer. Konuşmalarında bu anlaşmazlıklardan acı-acı şikayet etmektedir. Mevlana’nın kırk senelik müridi Sipehsalar’ın anlattığına göre Şems ile Kimya Hatunun anlaşmazlıklarına sebep, Mevlana’nın oğlu Alaeddin’dir.      Alaeddin, Şems ile Kimya’nın özel harem dairelerine teklifsizce ve izin almadan girip, çıkmaktadır. Bu yüzden Şemsin haklı ihtarlarına uğramıştır. Şems, gerek gördüğü hakaretlerden, gerek daha önce kimyaya duyduğu ilgiden Alaeddin, Şemsi düşman ve engel gibi görmektedir.       Makalat’da Şemsin anlattıkları: (Sh. 62)  İki bilgin birbirleriyle tartışıyorlardı ve marifet sırlarını anlatıyorlardı. Biri diyordu ki; “Eşeğe binmiş olduğu halde yanıma gelmekte olan zat Tanrıdır.” Öteki de, “Hayır, bana göre onun eşeği hala Tanrıdır” diyordu.     İzahı: Mütercim, bu küfür sözlerini şöyle açıklamaya çalışıyor: Vahdeti Vücut taraftarlarına göre Tanrıdan ayrı bir varlık yoktur. Dervişlerin konuşması bu nükteye işarettir. Yani her varlık Tanrıdan bir görünüş, bir eserdir ama Tanrının kendisi değildir, ama ondan başkası da değildir. Çünkü o zaman vücut ikileşmiş olur.      Makalat Sh. 63 Şems de ki tevazu dikkat: “Mevlana, Şemsi Tebriz’iyi bulmak ve onunla sohbet etmek arzusundadır. Halbuki o doğru ve nifaksız sözü Peygamberlerin ruhları bile arzulamaktadır. Keşke onun zamanında olaydık, onun sohbetine ereydik” derler.     İzahı: Şems kendini övmeye devam ediyor ve kendini Yüce Allah’a benzetiyor Makalat Sh. 71: Bu Mevlana Ay’dır; benim varlığımın güneşine gözler erişemez. Ancak Ay’a erişebilir. Işığının ve aydınlığının son derece parlaklığından dolayı gözler güneşe bakamaz. O Ay Güneşe erişemez ama Güneş Ay’a yetişebilir. (Yani Mevlana Şemse erişemez ama Şems Mevlana’ya yetişir.) Nasıl ki Yüce Tanrı Kur’an da, “Onu gözler kavrayamaz, ama o gözleri kavrar” buyuruyor. (Enam 103) Bu ayette “Onu gözler kavrayamaz” zamiri “Yüce Allah’ı kavrayamaz” demektir. Şems, yukarda ki sözlerinde kendini “Haşa” Yüce Allah yerine koyarak “Benim varlığımın güneşine gözler bakamaz” demektedir.